Fortificata da Desiderio, re dei Longobardi, donata alla Chiesa da Pipino (755), nel X sec. era già un popoloso e prospero centro, oggetto di contesa fra papato e Impero. Alla fine dell'XI sec. è documentata Comune indipendente e in esso nel 1146 Eugenio III trovò rifugio insieme con la corte papale. Nel 1164 Viterbo fu sede dell'antipapa Pasquale III sostenitore del Barbarossa dal quale nel 1167 fu elevata al rango di città. Dopo un periodo di lotte vittoriose contro Ferento, nel 1207 fu da Innocenzo III creata capoluogo del Patrimonio di San Pietro, ma poco più tardi venne scomunicata dallo stesso pontefice per aver accolto un gruppo di eretici patarini. Riavvicinatasi al guelfismo, nel 1243 resistette all'assedio di Federico II e da allora fu frequentata residenza dei papi, nonché sede di numerosi conclavi. Vi furono infatti eletti Urbano IV (1261), Gregorio X (1271, da un conclave che ebbe risvolti singolari), Adriano V (1276), Giovanni XXI (1276), Niccolò III (1277) e Martino IV (1281). Frattanto vi erano divampate le lotte di fazione capeggiate dai Gatti (guelfi) e dai Tignosi (ghibellini), cui in seguito si aggiunsero i Prefetti di Vico che, ora in contrasto ora in accordo con i papi, si impadronirono della città nella prima metà del XIV sec. e vi signoreggiarono (sebbene numerose volte estromessi da insurrezioni e dalle milizie pontificie) fino al 1435 quando Giacomo dei Prefetti di Vico fu fatto decapitare dal futuro cardinale Giovanni Vitelleschi. Viterbo passò allora stabilmente in potere della Chiesa a cui rimase (eccettuato il breve periodo di predominio francese agli inizi del XIX sec. durante il quale fu capoluogo del dipartimento del Cimino) fino all'ingresso delle truppe italiane nel 1870. Fu gravemente danneggiata dai bombardamenti nel corso del secondo conflitto mondiale.

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